La historia sigue el mismo rumbo que su predecesoras Pokémon Oro, Plata y Cristal, viajar por Johto y después visitar Kanto, pero con algunos cambios en el argumento.
Comienzas en Pueblo Primavera, tres años después de los acontecimientos de Kanto, eligiendo a tu Pokémon inicial entre Chikorita, Totodile y Cyndaquil. Después recorres toda la región de Johto para vencer a todos los líderes de gimnasio y poder proclamarte así como Campeón de Johto, no sin antes superar la dura Liga Pokémon de esta región.
